Inhaltsverzeichnis:
- Was ist das BigWig-Format?
- Wie verwende ich die BigWig-Datei?
- Was ist ein BigWig-Track?
- Wie erstelle ich eine bigWig-Datei?
Video: Was ist eine Bigwig-Datei?
2024 Autor: Fiona Howard | [email protected]. Zuletzt bearbeitet: 2024-01-10 06:33
BigWig ist ein Dateiformat zur Anzeige dichter, kontinuierlicher Daten in einem Genom-Browser-Track, das durch Konvertierung aus dem Wiggle-Format (WIG) entsteht. Das BigWig-Format wird auf der Website von UCSC Genome Bioinformatics beschrieben, und der Dateiformatleitfaden des Broad Institute bietet zusätzliche Informationen.
Was ist das BigWig-Format?
Das BigWig-Format ist für die Anzeige dichter, kontinuierlicher Daten, die als Diagramm angezeigt werden BigWig-Dateien werden ursprünglich aus WIG-Dateien mit dem UCSC-Programm wigToBigWig erstellt. Alternativ können bigWig-Dateien aus bedGraph-Dateien mit dem UCSC-Programm bedGraphToBigWig erstellt werden.
Wie verwende ich die BigWig-Datei?
Verschieben Sie die neu erstellte BigWig-Datei (myBigWig.bw) an einen über das Internet zugänglichen http-, https- oder FTP-Speicherort. Fügen Sie die URL in das Eingabeformular für benutzerdefinierte Tracks ein oder erstellen Sie einen benutzerdefinierten Track mit einer einzelnen Track-Zeile. Fügen Sie die benutzerdefinierte Spurlinie in das Textfeld auf der benutzerdefinierten Spurverw altungsseite ein.
Was ist ein BigWig-Track?
bigWig Tracks sind Tracks für kontinuierliche Signale über das gesamte Genom. Sie eignen sich zur Anzeige verschiedener „roher“Experimentergebnisse wie ChIP-Seq-Signale, RNA-Seq-Signale etc.
Wie erstelle ich eine bigWig-Datei?
Es gibt mehrere Möglichkeiten, Bigwig-Dateien zu erstellen. Dies beinh altet normalerweise die Konvertierung einer. bam-Datei in eine Wiggle-Spur (. wig) und anschließende Konvertierung der Wiggle-Spur in eine binäre Bigwig (.
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Worauf bezieht sich Bigwig?
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